Добрый вечер!
Дом и участок совершенно разные объекты, налог рассчитывается на каждый по отдельности, ничего не суммируется.
Налог на дом не будете платить, а за участок придётся заплатить 13% с разницы нынешней цены от цены покупки, т.е. с 1млн.
Таким образом договор нельзя подогнать под нужные суммы. Проконсультируйтесь ещё раз с оценочными компаниями, возможно есть шанс, что участок 1000руб, а дом 2000руб стоит.

спасибо всем. договор переделали. банк согласился

Ну во-первых надо поговорить с банком насчет того, примут ли они договор с таким же раскладом цен, как в том, где Вы покупали это имущество. Вполне могут и согласиться, ведь общая оценка закладываемого в банк имущества будет одинаковая.
Во-вторых можно порешать этот вопрос с оценщиком или сделать еще одну уже подходящую Вам оценку в другой фирме, если договоритесь с новым оценщиком поменять цифры.
И в третьих можно узнать в росреестре, примут ли они и зарегистрируют ли исправления в старый договор. У меня лично был опыт регистрации дополнительного соглашения к договору аж через несколько лет после завершения сделки. Если в росреестре "дадут добро", то найдите старого продавца и подайте с ним вместе на регистрацию дополнительное соглашение, из которого будет следовать, что на самом деле участок продан был за 2млна, а дом за один миллион.

Все верно. Т.к. каждый объект имеет свою цену, то и налог будет рассчитан исходя из продажной цены объектов. За дом налог не возникнет, а вот за з/у надо будет уплатить налог с разницы цены покупки и цены продажи.

Уважаемый, такой фокус от риэлтора можно было бы провернуть, если в ДКП земельного участка с домом фигурировала единая сумма без разбивки, тогда можно было бы продать также за три миллиона без обобщения по суммам. При такой продаже необходимо ещё посмотреть и иметь в виду совокупный размер кадастровой стоимости дома и земельного участка.

Спасибо

Здравствуйте. Вам правильно кажется. Вы будете уменьшать полученный от продажи доход на фактические расходы. При таких цифрах по участку будет доход 1 м.р. и он будет попадать под налог 13%.